안녕하세요, 법률사무소 완봉입니다.
스타트업을 운영하다 보면 가장 든든한 무기가 되어주는 것이 바로 주식매수선택권(스톡옵션)입니다. 부족한 연봉을 보완하면서 우수한 인재를 영입할 수 있는 최고의 카드이기 때문이죠. 특히 '벤처기업' 인증을 받은 회사라면 임직원에게 연간 2억 원(누적 5억 원)까지 행사이익 비과세 혜택을 줄 수 있어 인재 유치에 큰 강점이 됩니다.
그런데 실무 현장에서는 이 강력한 무기가 대표이사의 발목을 잡는 '시한폭탄'으로 변하는 경우가 적지 않습니다. 바로 행정 절차의 미비 때문입니다.
주주총회 결의도 거치고 직원과 스톡옵션 계약서도 정식으로 작성했지만, 중소벤처기업부(중기부) 부여 신고를 누락한 사실을 몇 년 뒤에야 뒤늦게 발견하는 사례가 실무에서 꽤 많습니다. 만약 이 상태에서 직원이 스톡옵션을 행사해 주식을 취득하게 되면 어떻게 될까요?
당연히 비과세 대상인 줄 알았던 임직원은 감면 혜택을 전혀 받지 못한 채 수천만 원에서 억 대에 이르는 소득세 폭탄을 맞게 됩니다. 그리고 그 화살은 고스란히 설명 의무와 선관주의의무를 다하지 않은 대표이사 개인과 회사로 향하게 됩니다.
임직원이 스톡옵션을 실제로 행사하기 전, 미리 문제를 인지한 단계라면 아직 해결할 방법이 있습니다. 오늘은 실무에서 발생하는 이 비극을 막고, 대표이사의 법적 책임을 방어할 수 있는 합법적인 소급 보완책을 구체적으로 안내해 드립니다.
벤처기업 임직원이 스톡옵션을 행사할 때 받는 세제 혜택(비과세, 분할납부 등)은 조세특례제한법과 벤처기업육성에 관한 특별조치법(벤처기업법)에 근거합니다.
여기서 핵심은 "벤처기업법에 따라 적법하게 부여된 스톡옵션이어야만 세제 혜택을 받을 수 있다"는 점입니다. 벤처기업법 제16조의6은 스톡옵션을 부여하거나 취소·철회한 벤처기업은 반드시 중기부 장관에게 신고하도록 규정하고 있습니다.
중기부 신고를 누락한 채 임직원이 스톡옵션을 행사하고 비과세 신청을 하면, 국세청은 적법한 벤처기업 스톡옵션으로 인정하지 않을 가능성이 높습니다. 이 경우 임직원은 행사이익 전체에 대해 일반 근로소득세(지방소득세 포함 최대 49.5%)를 적용받게 됩니다. 2억 원의 차익을 보았을 때, 비과세였다면 내지 않아도 될 세금을 7~8천만 원 이상 납부해야 하는 상황이 벌어지는 것입니다.
임직원 입장에서는 회사가 약속한 비과세 혜택을 대표이사의 행정적 과실 때문에 받지 못한 것이므로 억울할 수밖에 없습니다. 실제로 대법원은 대표이사가 정관을 정비하지 않거나 주주총회 결의를 누락하는 등 스톡옵션 부여 과정에서 과실을 범해 임직원에게 손해가 발생한 경우, 대표이사 개인의 선관주의의무(선량한 관리자로서의 주의의무) 위반으로 인한 손해배상 책임을 인정하고 있습니다(대법원 2023다258658 판결 등 참고).
단순한 행정 실수라고 가볍게 넘겼다가는, 핵심 인재들이 퇴사하며 대표이사를 상대로 민사 손해배상 청구 소송을 제기하는 최악의 시나리오를 마주할 수 있습니다.
다행히도 벤처기업법상 스톡옵션 부여 신고는 "언제까지 신고해야 한다"는 구체적인 기한이 명시되어 있지 않습니다. 지연 신고에 대한 과태료 규정도 현행법상 존재하지 않습니다.
따라서 임직원이 아직 스톡옵션을 행사하기 전에 신고 누락을 발견했다면, 지금 바로 서류를 준비하여 지연 신고를 접수해야 합니다.
이 서류들을 갖춰 중소벤처24 또는 관할 지방중소벤처기업청에 지연 신고를 완료하면, 행정적 미비점은 합법적으로 소급하여 보완할 수 있습니다.
더 큰 문제는 중기부 신고만 누락된 것이 아니라, 스톡옵션 부여 절차 자체에 법적 하자가 있는 경우입니다. 실무상 스타트업에서 자주 발생하는 치명적인 실수는 다음과 같습니다.
상법과 벤처기업법상 이러한 실체적 요건을 누락하면 스톡옵션 계약 자체가 법적으로 무효가 됩니다. 무효인 스톡옵션은 비과세 혜택도 받을 수 없고, 주식 발행 청구도 불가능합니다.
이 경우 임직원이 권리를 행사하기 전에 하자 치유(추인) 절차를 밟아야 소송 리스크를 차단할 수 있습니다.
임시주주총회 소집 및 정관 개정
정관에 스톡옵션 근거 규정이 없다면 먼저 임시주총을 열어 정관을 적법하게 개정합니다.
과거 부여 결의에 대한 '소급 추인' 특별결의 진행
주주들을 설득하여 "과거에 부여한 스톡옵션을 소급하여 유효한 것으로 추인한다"는 안건을 주주총회 특별결의로 통과시킵니다. 이때 의사록 작성과 공증은 반드시 필요합니다.
스톡옵션 계약서 보완 및 중기부 신고
추인된 주총 결의를 바탕으로 기존 계약서의 효력을 확인하거나 재체결하고, 정비된 서류 일체를 모아 중기부에 부여 신고를 진행합니다.
이 과정을 완료하면 하자가 있던 스톡옵션이 소급하여 유효해지며, 국세청 세제 혜택도 안정적으로 적용받을 수 있어 임직원과의 소송 가능성을 원천적으로 차단할 수 있습니다.
네, 현재 벤처기업법상 스톡옵션 부여 지연 신고에 대한 별도의 과태료나 벌칙 규정은 없습니다. 다만 임직원이 실제로 권리를 행사하기 전에 신고가 완료되어야 국세청의 세제 혜택 적용이 원활하게 이루어지므로, 인지한 즉시 지연 신고를 진행하시는 것이 중요합니다.
네, 가능합니다. 중요한 것은 주총 결의를 통해 스톡옵션을 부여하기로 한 시점에 회사가 벤처 인증을 보유하고 있었는지 여부입니다. 부여 당시 적법한 벤처기업이었다면 현재 인증이 만료되었더라도, 당시의 벤처기업확인서와 주총 의사록을 첨부하여 지연 신고를 진행할 수 있습니다.
정관만 고치는 것으로는 부족합니다. 정관 개정 이전에 체결된 스톡옵션 계약은 원칙적으로 무효이기 때문입니다. 퇴사 전에 임시주총을 열어 정관을 개정함과 동시에 '기존에 부여했던 스톡옵션을 추인한다'는 특별결의를 함께 진행하고, 관련 계약서를 보완해야 효력이 인정됩니다.
그렇습니다. 비과세 혜택 누락이나 계약 무효로 인해 임직원이 입은 경제적 손실(추가로 부담하게 된 세금 등)은, 대표이사가 경영진으로서 마땅히 지켜야 할 선관주의의무를 게을리하여 발생한 손해로 평가될 수 있습니다. 고의가 없었더라도 중대한 과실로 인정되면 민사상 손해배상 책임을 면하기 어렵습니다.
스톡옵션은 회사의 성장을 믿고 헌신한 직원들에게 주는 가장 값진 보상입니다. 하지만 아주 작은 행정적 과실 하나 때문에 그 보상이 오히려 분쟁의 씨앗이 되는 경우가 많습니다.
정관 규정, 주총 의사록, 중기부 신고 현황 중 조금이라도 불분명한 부분이 있다면 지금 바로 점검하셔야 합니다. 임직원이 권리를 행사하고 세금 신고서가 제출되는 순간, 하자를 치유할 수 있는 시간은 영영 지나가기 때문입니다.
법률사무소 완봉에서는 스톡옵션 설계 및 절차적 하자 정비에 관한 전문 상담을 제공하고 있습니다. 소송으로 번지기 전에 안전하고 합법적인 소급 보완책을 함께 찾아드리겠습니다.
※ 본 게시글은 일반적인 법률 정보를 제공하기 위해 작성되었으며, 기업의 구체적인 상황 및 개별 정관 규정에 따라 법적 판단과 해결책이 달라질 수 있습니다. 스톡옵션 정비 절차를 진행하시기 전 반드시 법률 전문가의 개별 자문을 받으시기 바랍니다.
