안녕하세요, 법률사무소 완봉입니다.
잘 진행되던 정부 R&D 과제에서 어느 날 갑자기 '협약 해약 및 지원금 환수 처분 사전통지서'를 받는다면, 스타트업 대표님의 눈앞이 캄캄해질 수밖에 없습니다. 수억 원대의 연구개발비를 이미 집행한 상황에서 전액 환수와 향후 국가연구개발사업 참여제한 통보까지 받는다면, 이는 단순한 사업 차질을 넘어 사실상 회사 폐업을 의미하기 때문입니다.
더욱 억울한 경우는, 실제로 예산을 횡령하거나 부정 수급한 사실이 없는데도 단순한 행정 처리 실수나 증빙 미비를 이유로 운영기관이 가혹한 제재 처분을 일방적으로 밀어붙이는 상황입니다. 이때 많은 스타트업이 이를 민사상 계약 분쟁으로 오인해 운영기관의 요구에 소극적으로 끌려가다 골든타임을 놓치곤 합니다.
정부 R&D 지원사업 도중 일방적인 협약 해약과 환수 처분을 받았다면, 이는 '민사 분쟁'이 아닌 '행정처분'의 관점에서 접근해야 합니다. 처분의 절차적 하자를 명확히 짚어내고, 효력정지 신청과 행정소송으로 정면 대응해야 소중한 기술과 사업권을 지킬 수 있습니다.
대부분의 스타트업은 주관기관 혹은 전담기관과 체결한 '협약서'를 기준으로 문제를 바라봅니다. 그러다 보니 협약이 해약되고 지원금 환수 통보가 오면 일반적인 민사 계약 위반으로 생각하기 쉽습니다. 그러나 대법원 판례와 국가연구개발혁신법(이하 혁신법)에 따르면, 참여제한·연구비 환수·제재부가금 부과 등의 조치는 중앙행정기관의 장이 우월한 공권력 주체로서 행하는 행정처분에 해당합니다.
실무적으로 중요한 구분이 있습니다.
단순 실수를 부정수급으로 몰아세우며 참여제한과 제재적 환수 통보를 해온 상황이라면, 민사소송이 아닌 행정처분 취소소송의 틀 안에서 방어 논리를 펼쳐야 합니다.
행정소송에서 처분을 취소시키는 가장 확실하고 빠른 방법 중 하나는 절차적 하자를 찾아내는 것입니다. 처분의 실질적 이유가 그럴듯하더라도, 처분 과정에서 법이 정한 절차를 지키지 않았다면 그 처분은 위법하여 취소됩니다.
행정청이 기업에 불이익한 처분을 할 때는 반드시 사전에 처분의 제목, 원인이 되는 사실, 법적 근거 등을 알리고 충분한 의견제출 기한(통상 10일 이상)을 부여해야 합니다.
- 실무 체크포인트: '규정을 위반했으니 소명하라'는 식으로 모호하게 넘어가거나, 소명 기한을 지나치게 촉박하게 줘서 실질적인 방어권 행사를 방해했다면 이는 중대한 절차적 하자입니다.
행정청은 처분을 할 때 당사자가 어떤 근거와 이유로 처분을 받는지 구체적으로 명시해야 합니다.
- 실무 체크포인트: 많은 공공기관이 최종 처분서에 단지 '혁신법 제32조 위반' 혹은 '지침 위반'이라는 한 줄짜리 근거만 적어 보냅니다. 수억 원의 환수금 중 정확히 어떤 비용이 어떤 기준에 의해 부적정으로 분류되었는지 세부 명세를 명시하지 않았다면, 이는 이유 제시 의무 위반에 해당합니다. 법원 역시 이유 제시의 구체성 결여를 처분 취소 사유로 강하게 판단하고 있습니다.
행정소송법상 취소소송은 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 제기해야 합니다. 많은 대표님이 운영기관에 이의신청을 접수하고 그 결과를 기다리다 90일 기한을 넘겨버리는 치명적인 실수를 범합니다. 혁신법상 전문기관의 이의신청 심의는 행정소송 제기 기간을 멈추지 않으므로, 최종 처분서가 송달된 날부터 90일 카운트다운이 시작된다는 점을 반드시 기억하십시오.
본안 소송을 제기하더라도 행정처분의 효력은 자동으로 멈추지 않습니다. 소송이 진행되는 수개월 동안 회사는 '국가사업 참여제한 기업'으로 묶이고, 환수금 독촉과 국세 체납 처분 절차로 인해 주거래 계좌가 압류당할 수 있습니다. 소장 접수와 동시에 처분 효력정지(집행정지) 신청을 제기하여, 본안 판결이 나올 때까지 기존 사업권을 유지하고 강제집행을 일시 정지시켜야 합니다.
처분 전 거친 특별평가위원회나 현장실사 과정에서 담당자들과 나눈 대화, 이메일, 회의록을 빠짐없이 확보하십시오. 소명 기회가 실질적으로 보장되었는지, 위원들이 객관적 검토 없이 편파적으로 대응했는지 등을 파악하여 절차적 정당성을 탄핵하는 증거로 활용해야 합니다.
절차적 하자가 뚜렷하지 않더라도 실망할 필요는 없습니다. 행정청이 내린 처분의 수위가 위반 행위의 정도에 비해 지나치게 가혹하다면 재량권 일탈·남용을 주장할 수 있습니다.
혁신법 제32조 제4항에 따르면, 중앙행정기관의 장은 제재처분 시 위반행위의 고의 유무, 위반 횟수, 연구과제의 진행 정도 및 공익적 기여도 등을 종합적으로 고려해야 합니다. 스타트업이 고의적인 예산 횡령이나 유용 없이 단순한 행정 미숙으로 인해 실책을 범했음에도 '사업비 전액 환수 및 수년간의 참여제한'이라는 최고 수위 제재를 받았다면, 이는 비례의 원칙에 위배됩니다. 기업의 경미한 과실에 비해 도산과 연구원 실직이라는 사익 침해가 현저히 크다는 점을 적극 변론하여 감경 또는 처분 취소를 이끌어내야 합니다.
Q1. 특별평가위원회 소명 단계부터 변호사를 대리인으로 선임할 수 있나요?
네, 가능하며 오히려 이 단계부터 대응하는 것이 가장 안전합니다. 행정처분 확정 전 소명서의 법적 뼈대를 미리 구성해 두어야 이후 행정소송으로 이어졌을 때 논리적 일관성을 유지할 수 있고, 기관 스스로 처분 수위를 낮추도록 설득하는 데도 유리합니다.
Q2. 행정소송을 제기하면 즉시 다른 정부 R&D 사업에 신청할 수 있나요?
단순히 소송을 제기한 것만으로는 참여제한 처분의 효력이 정지되지 않습니다. 법원에 신청한 효력정지(집행정지)가 인용되어야 비로소 처분 효력이 일시 정지되며, 소송 기간 중 다른 정부지원사업에 정상적으로 참여할 수 있게 됩니다.
Q3. 환수금 독촉장을 받았는데, 일단 납부하고 소송을 해야 하나요?
납부 여부는 신중히 결정해야 합니다. 납부하지 않으면 가산금이 붙거나 자산 압류가 들어올 수 있으므로, 소송 제기 후 신속하게 효력정지 결정을 받는 것이 최선입니다. 자금 여력이 있어 우선 납부한 경우에도 소송에서 승소하면 기납부금에 이자를 더해 돌려받을 수 있습니다. 다만, 납부가 '처분 수용'으로 해석되지 않도록 법률대리인과 상의하여 이의 유보 조치를 취해두시기 바랍니다.
Q4. 불법적인 협약 해약으로 이미 지출한 비용을 손해배상 청구할 수 있나요?
운영기관의 위법·부당한 해약 처분으로 기업이 입은 손해에 대해서는, 행정처분 취소소송 승소 후 국가나 운영기관을 상대로 국가배상 또는 민사상 손해배상 청구소송을 제기할 수 있습니다. 이를 위해서는 행정소송 단계에서 처분의 위법성을 확실히 확립해 두는 것이 전제조건입니다.
법률사무소 완봉에서는 정부 R&D 지원사업 관련 제재 처분 대응에 대한 전문 상담을 제공하고 있습니다. 처분 사전통지서 분석부터 집행정지 신청, 행정소송 제기까지 단계별로 밀착 조력해 드립니다. 억울한 제재 처분으로 사업이 위기에 처했다면 언제든지 문의해 주십시오.
본 포스팅은 일반적인 법률 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별 사안에 따라 법적 판단과 결과가 달라질 수 있습니다. 구체적인 사안은 반드시 변호사와 직접 상담하시기 바랍니다.
